A budapesti Ludwig Múzeumot – az első az egykori vasfüggönyön túl – 1989-ben alapították, miután 1987-ben létrehozták magyarországi alapítványukat.
A budapesti intézménynek hetven nagy értékű nemzetközi műalkotást adományoztak és kilencvenöt művet helyeztek el letétbe, mellyel megalapozták a múzeum nemzetközi gyűjteményét és egyben létrehozták Magyarország első kortárs művészeti múzeumát. Az új múzeum első állandó kiállítása 1991-ben nyílt meg a Budavári Palota ’A’ Épületében, a Magyar Nemzeti Galéria rendezésében. A múzeum 1996-ban Kortárs Művészeti Múzeummá alakult és jelentős magyar anyaggal gyarapodott; 2005-ben költözött át a Müpába (korábban: Művészetek Palotája).
A Ludwig Múzeum évente átlagosan 8-10 időszaki kiállítást szervez, emellett időről-időre változó kontextusban tárja a nagyközönség elé a gyűjtemény darabjait.
A Ludwig Múzeum gyűjteményezési politikáját a régióban betöltött szerepének erősítése vezérli. A gyűjtemény különlegessége a közép-kelet-európai karaktere; az, hogy falain belül hangsúlyosan jelenik meg egy sajátos történelmi, kulturális kontextussal rendelkező térség művészi teljesítménye az elmúlt fél évszázadból. A hatvanas-nyolcvanas évek progresszív magyar művészete elsősorban a nemzetközi tendenciákkal párhuzamosan, válogatott műveken keresztül jelenik meg.
A múzeumot 1993-tól haláláig, 2007-ig, Néray Katalin művészettörténész-muzeológus vezette. A széleskörű nemzetközi ismertséggel bíró, kortárs képzőművészettel foglalkozó szakember meghatározó szerepet játszott a gyűjtemény létrehozásában, felépítésében, valamint a múzeum koncepciójának kialakításában. Kiemelkedő munkásságát számos rangos díjjal és kitüntetéssel ismerték el.
